Если говорить об инженерной составляющей образования, то тут Linux и вообще свободные программы несомненно предоставляют намного больше возможностей. Школьники, склонные к углублённому изучению предмета, к участию в разработке, получают для этого реальные возможности — и технические. и социальные. Для более широкого круга учащихся важна возможность познакомиться с громадным разнообразием свободных программ.
Механические навыки, разумеется, тоже нужны, но, к сожалению, они быстро устаревают при смене поколений ПО. Здесь ни у Linux, ни у Windows нет никаких особых преимуществ.